Metodologías para la caracterización microscópica, bioquímica y molecular de cepas nativas de Bacillus thuringiensis (Bt) fueron estandarizadas. De esta manera, se evaluaron 336 aislamientos nativos, de los cuales 235 (70%) presentaron cristales parasporales. La caracterización bioquímica incluyó el análisis de los perfiles electroforéticos de proteínas totales de cultivos de Bt en fase estacionaria. Esta metodología estandarizada se empleó para evaluar las 235 cepas nativas de Bt. El 87% de las cepas presentaron patrones electroforéticos claros, de estos el 77 mostraron bandas de proteínas con pesos moleculares similares a los de las cepas de referencia. El 23% de las cepas nativas presentaron bandas de proteínas distintas a las de las cepas de referencia y a las reportadas en la literatura. La caracterización molecular consistió en el análisis de los productos de la amplificación de genes cry de las cepas nativas empleando la Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR). Se utilizaron 4 mezclas de oligonucleótidos; dos Generales (I y II) que permiten amplificar fragmentos de genes de las familias cry1, cry2, cry3, cry4 y cry1la y dos Específicas (A y B) que amplifican genes especifícos.