En la presente investigación fueron analizados datos de 60 individuos del Género Ilex de las especies de importancia económica, I. paraguariensis (sin. yerba) e I. dumosa, colectados en la EE-INTA Cerro Azul. La extracción de ácidos nucleicos fue realizada con el protocolo propuesto por Doyle y Doyle (1987) modificado por Cavalli-Molina y Gauer (2000). La técnica PCR-RAPD fue utilizada para realizar esta pesquisa. Los cebadores RAPD con mayor número de bandas informativas, investigados anteriormente a este trabajo, fueron empleados. Para analizar los resultados de las reacciones de amplificación, se realizaron electroforesis en geles de agarosa. Dichos geles fueron fotografiados, escaneados y medidas las distancias de migración de las bandas. Las matrices generadas fueron procesadas en diferentes programas informáticos para obtener árboles de agrupamiento. Los Índice de Shannon-Weaver (H´) (1948) y Nei Clásica (1972) y no Sesgada (1978) (GST y D), así como la Diversidad Genética Intrapoblacional también fueron calculados. La magnitud de la información obtenida durante la utilización de la técnica “RAPD-PCR” dependió del número de individuos bajo análisis.