El grupo de las aves acuáticas es reconocido en el ámbito de la conservación, por considerarse especies indicadoras, ya que proporcionan indicios tangibles, de fácil y rápido acceso para detectar efectos nocivos a su medio, debido a la susceptibilidad que presentan a las modificaciones de su entorno. Actualmente en Jalisco, se tienen pocos estudios sobre la ecología de aves acuáticas, así como el diagnóstico de sus hábitats. Siendo necesarios estudios como el presente, ya que aportan información sobre las afecciones que directa o indirectamente amenaza a la avifauna acuática y el ambiente que utilizan. La comunidad de aves acuáticas en la Laguna de Zapotlán está integrada por 44 especies, correspondientes a 12 familias y 6 ordenes. De éstas familias se registro a Anatidae, Ardeidae y Scolopacidae con el mayor número de especies. Fulica americana (gallareta) y Plegadis chihi (ibis oscuro) se mostraron como las especies más abundantes durante el estudio. Se considera la Laguna de Zapotlán como un área de interés por el notable porcentaje de aves acuáticas migratorias y por el importante número de especies cinegéticas (especies de la familia Anatidae).