Una variante cromática alternativa a la salvaje fue descrita en el pez Phalloceros caudimaculatus var. reticulata debida a una mutación cromática espontánea y dominante, presente en poblaciones naturales en Uruguay. En el presente trabajo se llevo a cabo la construcción de grupos de ligamiento (GL) para la especie mediante marcadores moleculares nucleares RAPD (Ramdon amplified polymorphic DNA) iniciando el mapeo genómico de secuencias de ADN asociadas a la mutante cromática en líneas endogámicas. Se construyeron 22 GL del mapa preliminar de la especie, encontrándose 5 loci marcadores candidatos asociados con el fenotipo y con grado de ligamiento variable con el/los genes responsables del melanismo. Dos de ellos, asociados al melanismo, co-localizan en el GL I formando parte de un bloque de marcadores sinténicos. Esto apoya datos citogenéticos previos sobre la existencia de un cromosoma originado por reordenamientos que incluiría estos marcadores asociados a la mutación melánica. Nuestros resultados representan la primera descripción acerca de los grupos de ligamiento en el género Phalloceros.