Muchos son los factores que influyen en la presencia-abundancia de cianobacterias, y la producción de toxinas en un cuerpo de agua. Las cianobacterias son importantes en virtud de los problemas que pueden causar desde el punto de vista ecológico y sanitario. El embalse Gatún, además de ser ruta para el tránsito de barcos, provee agua para abastecimiento humano. Reportes previos indican la presencia de cianobacterias (Microcytis sp.) en este cuerpo de agua. Con el objetivo de analizar que factor(es) ambiental(es) influye(n) en la presencia de microcistinas en Gamboa y Paraíso, se analizaron: temperatura, pH, transparencia, turbiedad, nitratos, ortofosfato, fósforo y nitrógeno total, radiación solar, y clorofila a durante febrero-mayo y julio-diciembre de 2009. Se utilizó una sonda YSI 556 MPS para la temperatura y pH, un disco de Secchi para la transparencia. Las muestras fueron colectadas, preservadas y analizadas conforme al Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater. Las microcistinas se detectaron con el Quanti tube kit ET039, Envirologix. Los factores(es) ambiental(es) fueron asociados a las microcistinas mediante un modelo de regresión lineal múltiple.