La reducción del flujo del río Paraná a partir del llenado del embalse Yacyretá en agosto de 1994, provocó cambios en la composición de la comunidad fitoplanctónica con un aumento en la frecuencia de aparición de cianobacterias. Con el objetivo de identificar biológica y molecularmente estas especies, se colectaron en Puerto Valle (27° 36´S 56° 25´O), muestras para analizar el fitoplancton en el período febrero de 2004 a abril de 2005 y otra para la identificación de cianobacterias presentes en una floración registrada en febrero de 2005. Se identificaron 135 especies de la comunidad fitoplanctónica. Las cianobacterias estuvieron representadas por 16 taxones. Los fragmentos de ADN amplificados de la secuencia PC-ING, presentaron una identidad entre 98 – 100 % con Microcystis sp. KLL MB-K y Microcystis aeruginosa UWOCC. En una segunda etapa se empleó “denaturing gradient gel electrophoresis”, utilizando los genes ribosomales 16S. Los análisis comprobaron la existencia de diferentes especies procariotas en la muestra de la floración. Esta metodología y la posterior secuenciación, permitiría realizar un seguimiento molecular de las especies que constituyan una floración.