En los pacientes inmunodeprimidos, el pulmón es uno de los órganos más afectados lo cual impacta significativamente en la mortalidad. La obtención de muestras histológicas a través de métodos invasivos como la biopsia transbronquial, permitió determinar la topografía, extensión, tipo y grado de lesión del parénquima pulmonar. Por otra parte, en estos pacientes también se lograron identificar procesos no infecciosos como neoplasias malignas y lesiones vasculares de hipertensión pulmonar. También permitió realizar diagnósticos diferenciales, al tiempo de considerar la posibilidad de que exista más de un agente etiológico. El diagnóstico de hipertensión pulmonar en fase inicial o antes de mostrar sintomatología significa un beneficio para este grupo de pacientes.