El presente estudio ha conjugado dos disciplinas genéticas: Genética de Poblaciones y Genética Forense. Así, dentro del ámbito de ambas disciplinas, se ha llevado a cabo un análisis enfocado a aportar información de interés para la gestión de los programas de conservación, selección y mejora de los recursos genéticos ganaderos locales de la Comunidad Autónoma del País Vasco (CAPV) y Navarra. En concreto, en este trabajo se han incluido las razas ovinas Latxa, Carranzana, Sasi Ardi y Navarra; las razas bovinas Pirenaica, Betizu, Terreña y Monchina; y las razas equinas Pottoka, Jaca Navarra, Euskal Herriko Mendiko Zaldia y Burguete. Los objetivos primordiales de este estudio han sido: 1) el desarrollo de herramientas genético-moleculares (microsatélites y SNPs) y su posterior aplicación en la caracterización de la estructura y diversidad genéticas, tanto intra como interpoblacionales, dentro y entre las razas citadas; 2) el análisis de las relaciones filogenéticas entre las razas, así como entre éstas y otras razas de interés, tanto peninsulares como europeas; y 3) la aplicación de las herramientas genético-moleculares desarrolladas en el ámbito de la Genética Forense Animal.