La problemática en propagación clonal de individuos selectos por programas de mejora de la especie Eucalyptus nitens, es su baja capacidad rizogénica. Debido a esto es necesario investigar los factores regulatorios del proceso rizogénico así como marcadores y requerimientos en cada etapa. Para ello, se ensayaron dos clones de Eucalyptus nitens con diferente capacidad de enraizamiento, y un clon de Eucalyptus globulus de alta capacidad. Una vez inducida la rizogénesis con la aplicación de ácido indol butírico, se tomaron muestras de la base de la estaca a distintos tiempos desde la inducción. Se hizo análisis morfoanatómico y determinación del contenido de Auxina, fenoles totales y flavonoides específicos. Además, se midió el contenido de metilación del ADN genómico. Los resultados indican que AIA en las dos especies solo está presente los dos primeros días en alta concentración. Los fenoles presentaron diferencias en las especies, siendo muy alto en E.nitens y bajo en E.globulus. Finalmente, los mejores marcadores del proceso rizogénico que diferencian ambas especies son fenoles totales, flavonoles y metilacion del ADN genómico relacionado con la formacion de primordios radiculares.