O processo de montagem de genomas é composto pelas etapas de tratamentos de dados, geração de “contigs” e finalização da montagem, que consiste na orientação e ordenação das sequências com ou sem o uso de uma referência. Apesar da existência de várias ferramentas para a execução da montagem, as etapas necessitam de adaptações para tratar dados de sequenciadores de próxima geração - NGS, caracterizados pela geração de grande quantidade de dados, bem como a redução do tamanho da leitura quando comparado com a metodologia de Sanger. Desta forma, este trabalho apresenta as ferramentas “Quality Assessment” para análise e filtro de qualidade de dados NGS, “Simplifier” para eliminar a redundância de sequências quando se utiliza abordagens hibridas de montagem com diferentes algoritmos ou plataformas de sequenciamento, e “Graphical Contig Analyzer for All Sequencing Platforms” - G4ALL para a orientação e ordenação dos “contigs” baseado em um genoma de referência, as quais objetivam otimizar o processo de montagem para dados NGS, possibilitando análises mais precisas além da redução de tempo de processamento, desde o tratamento dos dados até a etapa de geração do “draft” do genoma.