El Sistema Integral de Saneamiento Ecológico (SISE) es un sistema de abastecimiento de agua y saneamiento básico basado en tres estrategias: la captación de lluvia, el reciclaje de agua por medio de un sistema de tratamiento natural de aguas grises y la transformación de la excreta humana en composta a través de un Biosanitario. Para evaluar las posibilidades de que este sistema sea implementado masivamente a nivel rural, en esta investigación se ha desarrollado una metodología para evaluar la aceptación sociocultural del Biosanitario, el costo del abastecimiento de agua por captación de lluvia y tratamiento de agua gris, el costo de saneamiento, y los beneficios ambientales, en comparación con los sistemas convencionales. La metodología desarrollada se ha aplicado en la evaluación del SISE instalado en una vivienda piloto en una localidad rural del municipio de Dolores Hidalgo, Guanajuato, México.