Las ontologías se consideran una herramienta importante para estructurar la gran cantidad de información existente, especialmente en dominios como la biomedicina, en los que la adecuada organización y tratamiento de la información son aspectos críticos. En estos dominios, el número de ontologías disponibles ha crecido muy rápidamente durante los últimos años. Este hecho es muy positivo, pues permite un manejo más eficiente de la información, pero plantea un nuevo problema: ¿qué ontología utilizar para una tarea determinada? A causa del creciente número, complejidad y variedad de ontologías existentes, formadas en muchos casos por miles de conceptos y relaciones entre ellos, elegir la ontología u ontologías para reutilizar en un problema de anotación semántica o para diseñar una aplicación específica es una tarea difícil. En este trabajo, se propone una aproximación para la selección automática de ontologías biomédicas, que se basa en medir la adecuación de una ontología a un contexto de acuerdo a tres criterios: (1) El grado en que la ontología cubre el contexto. (2) La riqueza semántica de la ontología en el contexto. (3) La popularidad de la ontología en la comunidad biomédica.