Más del 95% del área cacaotera (Theobroma cacao L.) en Ecuador ha sido reemplazada con cacao foráneo, la calidad del producto final se ha deteriorado y el genotipo original “Nacional” corre el riesgo de extinguirse. Este trabajo caracterizó genética y morfológicamente 37 clones tipo Nacional y 11 amazónicos, el objetivo fue identificar materiales y características sobresalientes que puedan ser incluidas en un nuevo programa de mejoramiento genético. Se usaron 27 descriptores morfológicos en flores, mazorcas y semillas. Se dectectó una alta correlación entre: número de óvulos por ovario (NO/O) y número de semillas por mazorca (NSM) con r=90.89%. La intensidad de antocianina en el color del pedicelo y filamento de la flor, fueron los más discriminantes entre clones. La caracterización molecular con 15 marcadores microsatélites (SSR) permitió obtener un dendrograma de similitud genética, en donde los del tipo Nacional formaron dos grupos cercanos, pero alejados de los amazónicos. Individuos altamente homocigóticos fueron identificados, los cuales poseen rasgos fenotípicos característicos de la variedad nativa y serán usados como parentales en el diseño de nuevos programas de mejora.